La hermosa playa de Zipolite, poseedora de una rica historia, tal y como el país al que pertenece, ha pasado por periodos muy distintos. Se conoce que, en los tiempos prehispánicos, se constituyó en un relevante centro ceremonial de la cultura zapoteca, misma que habitaba principalmente en el altiplano, justo en lo que se conoce como valles centrales.

Zipolite llegó a ser un gran centro ceremonial, por el hecho de que las costas de Oaxaca siempre han sido visitadas por numerosas tortugas para desovar sus crías. Tal fenómeno era interpretado por los antiguos zapotecas como el principio y la constante remarcación de la vida.

En nuestros días, se puede visitar cerca de Huatulco, un sitio arqueológico recientemente recuperado y abierto al público, en especial, por aquellas personas interesadas en el mundo mesoamericano. Es un espacio de gran valía para comprender la importancia que tuvo Zipolite en tiempos prehispánicos.

Tras la conquista y con la pérdida de formas de vida de los zapotecas, la playa de Zipolite y sus inmediaciones, quedarán casi desiertos, a excepción de Puerto Ángel. La cerrada y diminuta bahía de este último lugar, se transformó en un valioso puerto en donde entraban y salían las más variadas mercancías. También era usado como refugio durante los tiempos de lluvias y alteraciones climatológicas, en especial para las embarcaciones pequeñas. Por este motivo existen numerosas historias acerca de cómo Zipolite y sus alrededores eran utilizados como refugios para piratas, durante los siglos XVII y XVIII.

No fue sino hasta los comienzos del siglo XX cuando algunas familias, a las cuales se denomina como "familias originales", se instalaron en Zipolite, buscando un sitio donde habitar y trabajar en faenas agrícolas.

Otros asentamientos surgieron cerca de Zipolite, como San Agustinillo o Mazunte. En San Agustinillo incluso, el gobierno de aquel entonces instaló un lugar para la explotación de las tortugas marinas, el cual, al manejarse responsablemente, brindó una fuente de trabajo de gran importancia para los habitantes de la región, durante mucho tiempo.

El redescubrimiento moderno de este paraíso oaxaqueño, se dio en los años 60 del siglo XX, cuando en México se pudo presenciar un espectacular eclipse solar. Tal evento astronómico atrajo el interés del público y la prensa, y por lo consiguiente, fomentó el desarrollo turístico de esta zona oaxaqueña.

El clima privilegiado, solitario ambiente, tersa arena y aguas cristalinas de Zipolite, hicieron que mucha gente deseara disfrutarlo a fondo y a partir de entonces, el lugar cobró una justa popularidad como alternativa vacacional.