La historia de la Costa Maya comienza en Xcalak y data de los tiempos prehispánicos.

En nuestros días han sido hallados más de 16 yacimientos prehispánicos entre Punta Herrero y Boca Bacalar Chico. 7 de tales sitios arqueológicos se levantan entre Punta Gavilán y Boca Bacalar Chico, justo en las fronteras con Belice. En el siglo XVI, los bucaneros ingleses dominaron buena parte de la costa y acechaban a las embarcaciones españolas que llevaban oro y demás riquezas a la península ibérica.

La corona española intentó defender sus intereses edificando poderosos fuertes, como el de Bacalar. Pero los piratas, aún con ello, siguieron asolando la región, con el propósito de quedarse con toda la península para así favorecer a la corona inglesa. El terror de los piratas se prolongó hasta bien entrado el siglo XIX, en parte por las constantes rebeliones de los indígenas y el abandono en que se hallaba toda esta región mexicana.

En las postrimerías del siglo XIX, la armada de México se hizo del control del actual estado de Quintana Roo. En el año de 1897, Díaz firmó un tratado en donde se fijaron los límites entre la Honduras británica, es decir, el Belice actual y el territorio mexicano. Lo anterior derivó en graves dificultades para nuestra nación, ya que los límites territoriales del sur del país, estaban en el centro del canal de Boca Bacalar Chico. Ese canal natral se consideraba la separación entre Cayo Ambergris e Xcalak y por ello, los navíos militares nacionales, dejaron de tener libre acceso, a la Bahía de Chetumal, y tuvieron que solicitar permiso para ello al gobierno de Belice.

Esta carencia de un fácil acceso a la Bahía de Chetumal, motivó que, tanto el general Ángel Ortiz Monasterio y autoridades del consulado mexicano, buscaran un sitio donde construir un puerto en esta zona. Se le solicitó su parecer al ingeniero Miguel Rebolledo y él fue quien determinó que Xcalak sería el mejor lugar para ello, ya que contaba con dos entradas naturales por entre la barrera de arrecifes para una eficiente navegación. Tal puerto fue establecido con la intención de ocupar de modo permanente el lugar. Desde Xcalak México tenía el propósito de llevar a cabo acciones para detener el suministro de armas a los indígenas rebeldes de Quintana Roo. Esos grupos mayas participaban en la llamada Guerra de Castas y combatirlos fue lo que motivó la construcción del puerto de Xcalak. Fue uno de los eventos que marcó de mayor manera los derroteros históricos de la actual Costa Maya.