La zona marina conocida como Bahía de los Ángeles, canales de Ballenas y de Salsipuedes, representa un sistema costero y marino que se caracteriza por su alta productividad biológica, valor paisajístico y su reconocido buen estado de conservación.

Constituye un activo natural valioso para México y el mundo, en lo que respecta a la investigación científica, recreación y pesca, así como un importante refugio natural de diversas especies marinas. Es un importante corredor biológico para una gran cantidad de especies de fauna marina, que adquiere mayor relevancia cuando se presenta el fenómeno climático de "El Niño". Además, los humedales costeros presentes en la zona representan un hábitat importante para las aves acuáticas y playeras, tanto residentes como migratorias, donde forman importantes colonias de descanso, reproducción y alimentación.


Al igual que ocurre con toda la región del Golfo de California, el incremento en la población humana en los estados que lo rodean, está ejerciendo una fuerte presión sobre sus aguas y sus islas. El incremento en la degradación del hábitat costero y marino, la especulación del uso del suelo en terrenos ejidales regularizados como propiedad privada que pueden ser vendidos para el desarrollo e infraestructura, con la consecuente afectación por descargas al mar, así como la sobreexplotación de los recursos pesqueros por la pesca comercial, deportiva e industrial, o el riesgo de descargas de las embarcaciones, además de la introducción de especies exóticas (Zavala, et al. 2004), son solo algunas de las potenciales amenazas que se ven venir, si no se logra hacer que los proyectos productivos y de desarrollo local sean sustentables.


La recién decretada reserva de la biosfera se encuentra dentro de la Región Marina Prioritaria para la Conservación en México (CONABIO, 1996; Arriaga et al., 2000) y dentro del Área Prioritaria para la Conservación de las Aves (CONABIO, 1999). Es identificada como una de las tres áreas marinas más importantes para la conservación de la biodiversidad en la Península de Baja California y Golfo de California (Enríquez-Andrade y Danemann 1998). Además agrupa a un gran número de especies considerados bajo alguna categoría de riesgo según la NOM-059-SEMARNAT-2001 " Protección ambiental - Especies nativas de México de flora y fauna silvestres - Categorías de riesgo y especificaciones para su inclusión, exclusión o cambio - Lista de especies en riesgo", tales como el rorcual común, rorcual tropical, ballena azul, ballena jorobada, orca, pseudorca, cachalote, delfín de rostro largo, calderón de aletas cortas, lobo marino de California; peces como rayas, tiburones, el tiburón ballena, invertebrados como pepino de mar duro, almeja burra, madre perla; las tortugas marinas consideradas

Principalmente algas; es un importante sitio de distribución de microalgas, algunas endémicas. Se encuentran 580 especies de macroalgas, muchas de ellas endémicas, además de 108 especies de algas rojas.