Por sus aguas cristalinas y templadas, las cuales forman parte de uno de los sistemas arrecifales más grandes del planeta, la isla de Cozumel es un sitio privilegiado para la exploración submarina y la contemplación de las especies de la zona. Cozumel es el hogar de más de 45 variedades de corales, lo cual hace patente la rica biodiversidad de esta región caribeña. Algunas de las especies que pueden contemplarse al bucear en las aguas de Cozumel son: la anémona gigante, el coral de fuego, el coral negro, el camarón limpiador, el cangrejo ermitaño rojo, el caracol reina, el tiburón gata, la morena moteada, la barracuda, la morena verde, el mero, el pez loro reina y el pez ángel azul.

Las zonas de buceo en Cozumel se ubican a lo largo de la parte oeste de esta ínsula y existen opciones para deportistas de distintos niveles. En el sur se localizan sitios solo aconsejables para buzos con experiencia, en tanto que, los arrecifes de la zona central de Cozumel, son recomendables para buzos de todos los niveles. En lo que sigue mencionaremos los mejores de estos lugares.

Chankanaab es perfecto para quienes se inician en la aventura del buceo. Tiene profundidades que rondan entre los 3 y los 12 metros. En las aguas de Chankanaab abundan los peces de arrecife, cañones y anclas y también resulta interesante de contemplar, la escultura submarina denominada el Cristo de Cozumel. Chankanaab en maya significa "pequeño mar".

Palancar es otro lugar en Cozumel, en donde puede apreciarse la exótica vida marina de la zona. Localizado a 2 kilómetros de las costas de Cozumel, Palancar es aconsejable para buzos de todos los niveles. Allí se pueden observar abanicos de coral rojo y colonias de coral, además de esponjas de gran tamaño, cañones, grutas, hondos abismos, meros colosales y abundantes morenas.

Paraíso, localizado al sur de Cozumel, aparece frente a un famoso hotel. Es un sitio excelente para los benjamines del buceo y también para quienes gusten de desarrollar exploraciones submarinas nocturnas. Paraíso destaca por los muchos colares y esponjas de brillantes colores que allí se desarrollan. También rebosa de pulpos, cangrejos y peces de arrecife.

San Francisco es un cantil con esponjas y corales de gran tamaño. Inicia a una profundidad de 18 o 21 metros, sin embargo, la mejor zona para bucear se encuentra a los 37 metros. Destaca por su conveniencia para contemplar morenas y grandes mantarrayas.