El 9 de diciembre de 1531, en el día de la fiesta de la Inmaculada Concepción, Juan Diego, recientemente convertido a la fe Católica, estaba en camino a asistir a misa en la Ciudad de México.
Al pasar por la colina de Tepeyac, escuchó el canto celestial de pájaros. Al mirar para ver de donde venia aquel canto celestial, escuchó la voz de una mujer joven llamándolo cariñosamente "Juanito". Al llegar a la cima de la colina, vio una mujer radiante vestida en una luz espléndida era la Santa Virgen María, Madre de Dios. Le dijo a Juan que ella quería que el fuera su mensajero especial para el obispo de la Ciudad de México. Le pidió a Juan que le comunicara que la Señora quería que se construyera una iglesia donde ella pudiera manifestar a su Hijo y donde ella pudiera escuchar las plegarias de sus hijos espirituales.
Juan Diego fue a buscar al obispo para darle el mensaje. Los sirvientes del obispo le negaron verlo pero luego de insistir finalmente logró una audiencia con el obispo Franciscano Fray Juan Zumarraga. El obispo no le creyó a Juan Diego en un principio y le pidió que regresara otro día. En secreto, el obispo había estado invocando la ayuda de la Madre de Dios. Los españoles habían conquistado el pueblo azteca recientemente y los estaban tratando muy mal. Pocos de los aztecas estaban dispuestos a abandonar sus creencias en dioses paganos para aceptar la religión de sus nuevos conquistadores. Todo esto pesaba en el corazón del obispo Zummarraga, quien todos ahora conocen como el "Protector de los pueblos nativos". El se preguntaba si la historia de Juan Diego era la respuesta divina a sus plegarias.
Juan regresó a la colina y le pidió a la Virgen que encontrara alguien más merecedor que él para el mensaje. Ella le aseguró que él era el indicado. Al día siguiente, regresó para hablar con el obispo. Aunque el obispo admiraba a Juan por su insistencia, le pidió que hablara con la Virgen y pidiera una señal para asegurarse que realmente era ella.
Al escuchar el pedido del obispo, la Virgen le dijo a Juan que el debía regresar el día siguiente y que ella le daría la señal que pedía. Al regresar a su casa, Juan encontró a su tío enfermo, al borde de la muerte. Temprano a la mañana del 12 de diciembre, Juan fue a la Ciudad de México para buscar un sacerdote para que administrara la unción a los enfermos a su tío moribundo.
Al regresar, una vez más se le apareció la Virgen María y le dijo que no se preocupara por su tío ya que él ya estaba bien. Mas tarde, Juan supo que ella también había visitado a su tío. Ella le pidió que fuera a la cima de la colina y que allí el encontraría flores. Juan lo hizo y se sorprendió al ver flores radiantes, algo milagroso en medio de un clima tan helado. El las cortó y juntó en su tilma. La Virgen las acomodó con sus propias manos luego enrolló la tilma y le pidió a Juan que no lo abriera hasta llegar al obispo.
Luego de ser maltratado por los sirvientes del obispo, ellos finalmente accedieron en permitir que el obispo lo viera. Juan le contó al obispo cada palabra de la conversación con la Virgen y en ese momento extendió su tilma dejando que las flores cayeran al piso. Juan se sorprendió al ver que todos aquellos que se encontraban allí también cayeron de rodillas al piso. La imagen de la Señora se encontraba en la tilma de Juan. Arrepentido por no haberle creído, el obispo prometió construir la iglesia que la Señora pidió.
Poco después, se construyó la iglesia y la imagen se transfirió. La historia llegó a todos y gente de todas partes comenzó a llegar para ver la imagen de la Señora y escuchar la historia de Juan. Muchos milagros comenzaron a ocurrir. Unos 10 millones de personas se convirtieron y fueron bautizadas.
La aparición de la Virgen de Guadalupe al indígena azteca Juan Diego generó la conversión de México, América Central y Sudamérica al Catolicismo. La Virgen María pasó a ser figura central en la historia de México. Las tres festividades religiosas más importantes en América Central y Sudamérica son
El impacto de la aparición de la Virgen se debió a tres factores centrales que fueron apreciados por los nativos y que llevaron a la conversión. Primero, que la Virgen habló en Náhuatl, el idioma azteca y se apareció ante un indígena, no un español. Segundo, la virgen apareció en Tepeyac, el lugar sagrado de Tonantzin, la diosa madre azteca. Esto envió un mensaje claro que la Virgen María era la madre del verdadero Dios, y que la religión Cristiana debía reemplazar a la azteca. En tercer lugar, los indígenas entendieron el mensaje de los símbolos y dibujos en la tilma, un mensaje hermoso sobre el Cristianismo, que decía que el Dios verdadero se sacrificó para los hombres. Proponía una vida diferente a la que ellos habían soportado, sacrificando personas para calmar a sus dioses paganos.
Hoy en día, la imagen de la Virgen de Guadalupe sigue siendo visitada por miles y miles de devotos. La iglesia actual fue construida en el sitio de la previa iglesia del siglo 16, que fue terminada en 1709, ahora conocida como la vieja Basílica. La imagen original de la Virgen de Guadalupe se encuentra ahora alojada en esta nueva Basílica.