Este es uno de los municipios con mayor biodiversidad en el estado de Sonora, debido a sus características naturales únicas, dandose una mezcla de comunidades vegetales como son la Selva Baja Caducifolia, el Matorral Espinoso Sinaloense y el Bosque de Pino y Encino.
Presenta una riqueza biológica extraordinaria, con un total de aproximadamente 1,100 especies de plantas en 566 gineros y 148 familias (Rzedowski, 1991), lo que representa el 67% de las familias conocidas para el país tomando en cuenta los calculos mas conservadores para Sonora que nos dan un número superior a las 2000 especie, la cantidad de especies de plantas en la reserva representarma el 55% del total para el Estado (Castellanos 1992), y con respecto al país que cuenta con aproximadamente 36,000 especies representaría el 3 % de la diversidad florística del país.
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En cuanto a la fauna, en el APFF ocurren aproximadamente 463 especies de vertebrados, lo que representa el 19.09 % de la riqueza del país (2, 425 esp.) y el 51.4% con respecto a las 900 especies registradas para Sonora. Por esta diversidad biológica el Area de Protección de Flora y Fauna se considera area de alta riqueza tanto en el ambito estatal como nacional (Rzedowski, 1991). Cabe hacer mención que los listados son preliminares, por lo que la lista de especies puede ser mayor.
Es reconocida en el ambito mundial porque representa una zona de transición de las regiones biogeograficas Neartica y Neotropical, ademas de representar los límites septentrionales de distribución de la Selva Baja Caducifolia, así como para ciertas especies su límite de distribución mas norteño y/o sureño.
Ésta Area de Protección posee una gran riqueza y diversidad de especies de flora y fauna de afinidad tropical y templada, ademas de varios tipos de clima, suelo, formaciones geológicas, vegetación y una accidentada topografía, mismos que le confieren una gran variabilidad de habitat y paisajes agradables a la vista humana, colocandola como uno de los sitios naturales mas importantes e interesantes del estado de Sonora ( Rogero, 1993).
De acuerdo a Jenkins (1993), en la parte alta del Río Cuchujaqui, se han presentado nuevos registros de familias, gineros y especies para el Estado y el país, lo que nos da una idea de la gran complejidad ecológica de este sistema y de la poca información que se posee del area. Las areas aledañas al Río se consideran de gran importancia, porque funcionan como filtros ambientales y mitigadores de las presiones y disturbios ambientales que se presentan en las zonas cercanas al mismo. De la misma forma realizan el papel de corredores naturales para especies migratorias de mamíferos, aves y peces. Ademas, los microambientes húmedos que se dan a lo largo de su recorrido desde su inicio, como cañones y laderas, proporcionan microhabitat para especies de comportamiento críptico y distribución restringida. De esta manera es considerada como un area con alta prioridad científica y de conservación, tanto por su particularidad como por las especies obligadas a ella, por la circunstancia de sus características de topografía, climas, etc. como pueden ser el cedro (Cedrela mexicana) y el sabino (Taxodium mucronatum).
Decreto: 19 de julio de 1996
Superficie: 292,890 hectáreas
Municipio: Alamos
Clima: Cálido subhúmedo
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