Esta Reserva se ubica en la desembocadura de la cuenca de agua subterránea más importante de Yucatán, que coincide con el anillo de Cenotes y con el Ría Lagartos.

Al mismo tiempo, se encuentra dentro del corredor costero de humedales con la mejor conservación de la parte occidental de la península yucateca. Es una de las reservas con mayor riqueza de especies y ecosistemas interdependientes, a saber, manglares, dunas, petenes, selva baja y pastizales. Bajo la premisa de proteger los procesos evolutivos del patrimonio natural, se ha puesto especial cuidado en la conservación de este hábitat.

Uno de los principales atractivos de la reserva es la observación de aves ya que Ría Celestún es uno de los principales sitios para el descanso, la alimentación y reproducción de una gran variedad de especies migratorias, especialmente del flamenco rosado. Aquí se han contado 300 especies de aves, tanto aves de bosque como carpinteros, colibríes, y motmots como aves acuáticas: fragatas, garzas, patos, etc., además del flamenco rosado.

La fusión de distintos ambientes terrestres y acuáticos ofrece hermosos paisajes con variedades de especies acuáticas, manantiales y ojos de agua, en los que la exuberante vegetación crea escenarios perfectos para el desarrollo de actividades recreativas.

La reserva contiene una gran variedad de humedales. Es una de las más grandes áreas de manglar en buen estado de conservación del Golfo de México. La altitud va de 0 a 20 m.

Su importancia deriva de ser un espacio de alimentación y descanso de un elevado número de aves migratorias, así como por ser uno de los dos sitios en México donde anida, se alimenta y reproduce el flamenco rosa. También es un sitio clave para algunas tortugas marinas y el cocodrilo de pantano. Además de que la vegetación brinda protección a numerosas especies animales endémicas.

Se presentan dos climas predominantes, uno que se encuentra en la mayor parte de la reserva, al centro y oeste, que es seco-semiárido, con una temperatura todos los meses superior a los 18°C y lluvias de verano, la temperatura promedio anual es de 26.2 °C; el mes más caliente oscila en los 29°C (mayo) y el mes más frío en 23°C (enero), con preci-pitaciones entre 600 y 800 mm anuales. El otro clima al sureste de la región es el cálido-subhúmedo con lluvias en verano, temperatura promedio anual superior a los 18°C con precipitaciones entre 800 y 1,000 mm anuales (ine, 1993).

Pertenece a la provincia fisiográfica Unidad Orogénica, Plataforma Yucateca. Esta zona presenta un relieve con dominio de terrenos ligeramente ondulados, planos y bajos; con rocas calcáreas.

La reserva en gran parte de su área está sujeta a inundación hacia el norte y al sur. En general las aguas son altamente salinas, y en conjunto constituyen un importante hábitat para diferentes especies de animales (ine, 1993).

La península de Yucatán carece de corrientes superficiales de agua, por lo que el agua de lluvia se filtra rápidamente por el sustrato y alimenta corrientes subterráneas que se manifiestan en una gran cantidad de cenotes, lagunas y aguadas. El drenaje freático de Celestún pertenece a la vertiente noroccidental que se inicia en Dzilam de Bravo (ine, 1993).

En orden de importancia predominan los suelos gleysol (16,800 ha), solonchak (7,600 ha), histosol (4,800 ha) y en menor cantidad regosol, rendzina y litosol. La mayoría de los suelos presentan fase sódico-salina (Batllori, s.f.).